La vita dei Dottorati di Ricerca in Ingegneria a Modena inizia nel 1995 quando la giovanissima Facoltà di Ingegneria propose per la prima volta l'attivazione del Corso di Dottorato in "Ingegneria dei Materiali" e "Ingegneria dell' Informazione", quest'ultimo in consorzio con la Facoltà di Ingegneria di Ferrara, per l'anno accademico successivo (XII Ciclo di Dottorato). 

Coordinatori sono rispettivamente il prof. Gian Carlo Pellacani e il prof. Claudio Canali.

Il 9 Settembre 1999 il Consiglio di Facoltà, ai sensi del D.M. 30.04.99, n. 224 (Regolamento recante norme in materia di Dottorato di Ricerca), delibera il trasferimento dei Dottorati al Dipartimento di Scienze dell’Ingegneria, che per il XV Ciclo (aa 1999-2000) riattiva i medesimi Dottorati di Ricerca.

A seguito dell' attivazione dei Dipartimenti di Ingegneria Meccanica e Civile, di Ingegneria dei Materiali e dell' Ambiente e di Ingegneria dell'Informazione, a decorrere dal 1 novembre 2002 i Dottorati di Ricerca in Ingegneria dei Materiali e in Ingegneria dell'Informazione sono trasferiti ai dipartimenti di competenza.

Nel 2003, con il XVIII ciclo, prende avvio anche il Dottorato di Ricerca in Ingegneria Meccanica.

Dal 2012 i Dottorati sono trasferiti al Dipartimento di Ingegneria "Enzo Ferrari" (DIEF), in cui confluiscono i tre precedenti Dipartimenti e la Facoltà di Ingegneria "Enzo Ferrari".