Il Dipartimento di Ingegneria “Enzo Ferrari” promuove ed è sede dei corsi di Dottorato di Ricerca in Information and Communication Technologies (ICT), in Ingegneria Civile, Ambientale e dei Materiali e in Ingegneria Meccanica e del Veicolo. 

I docenti del DIEF sono inoltre coinvolti nei dottorati nazionali in Sustainable Development and Climate Change,  Micro e Nano-Electronics, Autonomous systems, Intelligenza Artificiale, Osservazioni della Terra, Scienze Polari e nel Dottorato interateneo Automotive engineering for intelligent mobility (Sede amministrativa: Università degli studi di Bologna).